La ciudad italiana de Bari tenía alrededor de 200.000 habitantes en 1943; su historia se remontaba muchos siglos atrás. Fundada por los peucetios, floreció en tiempos de los romanos que intuyeron su estratégica posición para los tráficos comerciales con el Oriente. Había sido afortunada en el transcurso de la guerra al haber sufrido tan sólo unos daños menores por haber sido catalogada por las fuerzas aliadas como un «puerto de importancia estratégica» y depósito de suministros. Pero a finales de 1943 y como resultado del avance aliado, la calma de la ciudad había sido sustituida por una frenética actividad, con barcos aliados entrando y saliendo de su puerto constantemente y un enorme tráfico de mercancías y suministros.

El puerto estaba bajo jurisdicción británica, en parte debido a que Bari era la base principal de suministros para el 8° Ejército Británico de Montgomery. Pero la ciudad también alojaba el Cuartel General de la 15ª Flota Aérea Norteamericana, que había sido activada en Noviembre del mismo año con el fin de apoyar desde el Sur la campaña de bombardeo de la 8ª Flota Aérea de los Estados Unidos para incluir entre sus blancos a objetivos en los Balcanes e Italia. Su comandante, el general James H. Doolitle había llegado a Bari el 1 de Diciembre. Todo ello hacía que además del típico material de guerra, los barcos anclados en Bari transportasen combustible de aviación, bombas y municiones. El 2 de Diciembre de 1943, al menos 30 barcos aliados se encontraban en el puerto, que estaba casi al 100% de su capacidad útil.

Los aliados estaban absortos en que la 15ª F.A. estuviese operativa lo ante posible y dieron muy poca importancia a la posibilidad de un ataque aéreo alemán sobre Bari. La Luftwaffe en Italia estaba muy debilitada y tan dispersa que no creían que fuese capaz de organizar un gran ataque. Y Los continuos vuelos de reconocimiento alemanes sobre Bari, lejos de alertarles, les resultaban más una molestia; al principio los artilleros antiaéreos solían lanzar unos cuantos disparos sin mayor interés, pero finalmente acabaron por ignorar los vuelos para evitar, de paso, malgastar munición. Durante la noche, todas las luces del puerto permanecían encendidas para facilitar las tareas de carga y descarga, activas las 24 horas del día y nadie había pensado en la necesidad de un oscurecimiento. El mismísimo vicemariscal del aire británico, Sir Arthur Coningham, había convocado una conferencia de prensa en la que afirmó rotundo a los reporteros que la Luftwaffe había sido completamente derrotada en Italia. Estaba seguro de que los alemanes nunca podría atacar Bari, afirmando que «consideraría como una afrenta personal y un insulto que la Luftwaffe pudiera intentar cualquier acción de importancia en este área«. Sin embargo, el oficial al mando de la defensa del puerto, el capitán A. B. Jenks,, era consciente de que las medidas dispuestas para la defensa no eran adecuadas, pero el y otros oficiales fueron ignorados por el auto complaciente Vicemariscal.

Así, cargueros y buques tanque esperaban tranquilamente su turno para ser descargados en el puerto. Entre ellos, el SS John Harvey, aparentemente un Liberty más, no muy distinto del resto de los que esperaban anclados en el puerto. La mayor parte de su carga era también muy convencional: municiones, comida y equipamiento. Pero el barco también transportaba una carga secreta mortal: aproximadamente 100 toneladas de bombas de gas mostaza, «una precaución» ante la posibilidad de que Alemania recurriera a la guerra química. En 1943 esta era todavía una posibilidad a tener en cuenta; la iniciativa estratégica había pasado a los aliados,que ya habían puesto pie en suelo europeo y Alemania comenzaba a perder terreno poco a poco, en todos los frentes. Los informes de inteligencia aliados sugerían que Alemania estaba almacenando armas químicas, incluyendo un nuevo agente químico llamado Tabun. Contra lo que pueda parecer, Hitler no era un defensor de las armas químicas en el campo de batalla y sólo cabía la posibilidad de que fuese persuadido de ello si esto representaba un vuelvo significativo en la balanza de la guerra. El Presidente Roosevelt había hecho publico un comunicado en el que condenaba el uso del gas por parte de cualquier nación civilizada, pero manteniendo el derecho de los Estados Unidos a responder del mismo modo si el enemigo se atrevía a utilizar esas armas primero. El SS John Harvey había sido elegido para transportar el gas venenoso a Italia ante tal eventualidad. Ya hacía tiempo que los aliados habían autorizado el establecimiento de grandes depósitos químicos en el mediterráneo; para garantizar la venganza rápida anunciada por Roosevelt, se acordó acumular en el mediterráneo una reserva de armas químicas para 45 días, entre ellas más de 200.000 bombas de gas mostaza. La Casa Blanca también autorizó la creación en Foggia de una gran almacén secreto cuyo primer envío era el que se hallaba en las bodegas del John Harvey. No obstante, nunca se ha explicado debidamente cómo habrían podido ser disuadidos los alemanes si los métodos de disuasión permanecieron en secreto.

El embarque se había mantenido en el mas absoluto secreto e incluso el capitán del buque Edwin F. Knowles no había sido informado sobre la carga; para mantener el secreto de la operación, el aspecto de las bombas era absolutamente convencional y cada una medía 4 pies de largo, 8 pulgadas de diámetro y contenían 70 libras del gas. Entre la tripulación se encontraban el 1er. Teniente Howard D. Beckstrom, de la 701ª Compañía de Mantenimiento Químico junto a un destacamento de seis hombres, todos ellos expertos en el manejo de materiales tóxicos. El oficial de seguridad del barco, el teniente Thomas R. Richardson, era una de las pocas personas a bordo que oficialmente conocía la carga de gas mostaza,que sin embargo y a pesar de todo el secretismo, figuraba claramente en el manifiesto como una carga de «2.000 proyectiles M47A1 de gas mostaza«. Richardson estaba ansioso por desprenderse de la carga cuanto antes, pero cuando el barco llegó a Bari, el 26 de Noviembre de 1943, sus esperanzas se esfumaron: el puerto estaba colapsado, lleno de barcos esperando ser descargados y todavía se esperaba la llegada de otro convoy. Ya que la presencia del gas no era oficial, el SS John Harvey no recibiría ningún trato especial y tendría que esperar como los demás. Así, durante cinco días el barco permaneció amarrado en el muelle 29, mientras el capitán Knowles intentaba sin éxito conseguir que el buque fuera descargado lo antes posible. No podía contar nada de la carga especial de su barco ya que oficialmente no existía dicha carga y se suponía que él tampoco sabía de su existencia. Algunos autores, como Gerald Reminick , aseguran que también había cargamento tóxico en el SS Samuel L. Tilden.

Para los alemanes, el ataque sobre Bari no era fruto de la improvisación, sino que se trataba de un plan previamente analizado y estudiado. Fue el mariscal Wolfram von Richstofen, comandante de la Luftflotte 2 quien sugirió a Kesserling que Bari podría ser una buena alternativa. Si el puerto era arrasado el avance del 8° Ejército Británico se frenaría y lo mismo sucedería con el despliegue de la nueva 15ª Fuerza Aérea de los Estados Unidos. Para esta operación, la Luftwaffe contaría con un total de 105 bombarderos Ju88 A4, procedentes en su mayor parte de Italia; unos pocos atacarían desde bases en Yugoslavia con el ánimo de confundir a los aliados sobre la procedencia del ataque, desviando así los posibles contraataques de represalia sobre las bases en Italia a los Balcanes. Con la misma finalidad, se ordenó a los pilotos iniciar el vuelo poniendo rumbo este, hacia el Adriático, para después virar al sureste. Si la artillería antiaérea británica esperaba un ataque , este vendría del norte, no del este. Los Ju88 fueron también cargados con las contramedidas anti radar düppel. En la operación participarían los Kampfgeschwader (escuadrones de bombardeo) 30, 54 y  76, 26 y 100, lo que implicaría la participación de todas las unidades de bombardeo alemanas presentes en Italia en ese momento. 

Confiando en el elemento sorpresa más que en el número de efectivos, el ataque se realizaría al atardecer, sobre las 19:30 hrs. de la tarde del 2 de diciembre de 1943. Los dos primeros aparatos sobrevuelan Bari lanzando una carga en apariencia inofensiva, tiras de aluminio llamadas Düppel o window, con el objeto de cegar los radares, aunque realmente la principal antena de radar situada en el tejado de la Via Vittorio Emmanuelle hace días que esta averiada. Se lanzan las bengalas que iluminarían los blancos para los aviones atacantes, llegando estos a baja altitud, intentando permanecer por debajo de los radares aliados que, en aquellos momentos, ya estarían plagados de interferencias por los Duppel. Y con puntualidad prusiana, los alemanes llegaron a Bari exactamente a la hora prevista. En medio de un ruido ensordecedor, en vuelo rasante a apenas 100 pies de altura, hace acto de presencia la primera oleada. El 1er. Teniente Gustav Teuber, que lideraba la primera oleada ( de 20 Ju-88 ), no podía dar crédito a lo que estaba viendo: los muelles estaban completamente iluminados y todo el puerto plagado de barcos de punta a punta. Con la inestimable ayuda de las propias luces del puerto, los Ju88 se abalanzaron sobre sus blancos. Las primeras bombas cayeron sobre la ciudad, pero muy pronto le llegó el turno del puerto. Alrededor de 30 barcos se encontraban anclados aquella noche y muchos de sus miembros se encontraban en tierra. La sorpresa fue total. Las explosiones en el puerto se suceden y una de las bombas causa la rotura de un oleoducto provocando que el fuego se propague por el puerto y los muelles. 

El SS Joseph Wheeler recibió un impacto directo y exploto, consumido entre las llamas; el SS John Motley también fue alcanzado; el siguiente era el SS John Bascom, anclado junto al anterior. Una lluvia de bombas calló sobre él, de proa a popa. El capitán Heitmann fue lanzado por el aire y se estrelló contra una de las puertas del puente, hiriéndose en la cabeza. La superestructura del barco estaba arrasada, al igual que la cubierta. No había nada que hacer salvo abandonar la nave. En ese momento todo el puerto se encontraba en llamas, el agua llena de combustible y aceite y el cielo cubierto de columnas de humo negro. Algunos de los barcos ardían, otros se hundían, algunos habían estallado al ser alcanzada su carga de municiones.

Mientras tanto, la tripulación del SS John Harvey se afanaba en salvar su barco. Todavía se encontraba intacto y no había recibido el impacto de ninguna bomba, sin embargo se había declarado un incendio y la situación era muy peligrosa habida cuenta de su carga secreta. Tanto el capitán Knowles como el teniente Beckstrom y muchos otros se negaron a abandonar su puesto. De improviso el SS John Harvey estalló, desapareciendo en medio de una gigantesca bola de fuego en forma de hongo. Todo el mundo a bordo murió en el acto y a lo largo del todo el puerto se pudo sentir la tremenda honda expansiva que hizo escorarse al SS Pumper casi 35 grados. Heitmann y los supervivientes de su tripulación, alrededor de 50 hombres, intentaban alcanzar el extremo este del puerto, junto a un faro que parecía dar una cierta seguridad; mientras esperaban allí ser rescatados, K. Vesole, comandante del destacamento de guardia del SS John Bascom comenzó a tener dificultadas para respirar, comentando «huelo a ajo», sin darse cuenta del significado de su afirmación. El olor a ajo es uno de los signos inequívocos del gas mostaza, que se había mezclado con el aceite que flotaba en el puerto e impregnaba el humo que envolvía el área. Un bote procedente del Pumper pudo rescatar al capitán Heitmann y los demás supervivientes del John Bascom, pero sus problemas sólo habían comenzado.

El ataque alemán, de una precisión quirúrgica, había durado 20 minutos y sus pérdidas habían sido mínimas (los aliados solo consiguieron derribar un solitario Ju-88) ; el éxito alcanzado era muy superior a la más optimista de sus expectativas. Diecisiete barcos aliados habían sido hundidos y otros ocho seriamente dañados; además de doce barcos italianos cobeligerantes, entre estos el crucero Barletta, el dragaminas Ardito, los dos patrulleros Porto Pisano y MB 1013, el velero Inaffondabile, además de los siete mercantes Cassala, Corfú, Frosinone, Goggiam, Genespesca II, Luciano Orlando y Volodda; por lo que Bari recibiría el apodo de «el Segundo Peral Harbor». Con la llegada del día los supervivientes se encontraron con una devastación total. Grandes partes de Bari habían sido reducidas a escombros, sobre todo la antigua ciudad medieval y zonas de la ciudad y del puerto se hallaban todavía en llamas; una cortina de humo negro cubría el cielo. Se produjeron más de 1.000 bajas entre militares y tripulaciones de la marina mercante, de los cuales alrededor de 800 fueron ingresados en hospitales locales. La cifra total de bajas civiles nunca podrá ser conocida con exactitud, pero las cifras más conservadoras las sitúan entorno a las 1.000 personas, aunque pudieran ser superior.

El bombardeo de Bari fue una de las más exitosas acciones emprendidas por la Luftwaffe. El el puerto fue completamente cerrado durante tres semanas. Se perdieron 38.000 toneladas de cargamento, entre ellos 10.000 tm de planchas de acero destinadas a los aeródromos. La 15ª Fuerza Aérea también se vio seriamente afectada por el éxito del ataque alemán ya que sólo dos días después del raid había planeado junto con la 8ª F.A. una ofensiva combinada contra Alemania que, hubo de posponerse no pudo realizar ninguna contribución de importancia a la guerra hasta Febrero de 1944.

Tras el ataque, los heridos comenzaron a llenar los hospitales militares y civiles y casi inmediatamente comenzaron a presentar escozor de ojos, reaccionando negativamente a los tratamientos clásicos para sus heridas convencionales. Los ojos se irritaban cada vez más y aparecían erupciones y lesiones en la piel. Desconociendo el origen de tales síntomas, la mayoría de ellos permanecieron con las mismas ropas empapadas en gas que vestían durante el ataque. Las erupciones en la piel dieron paso a las quemaduras y a las complicaciones respiratorias, pero nadie en los hospitales sabía como debían tratar a los heridos que comenzaron a morir; incluso aquellos que lograban recuperarse debían arrastrar una larga y dolorosa convalecencia: ceguera temporal, quemaduras, dolores genitales… Los doctores comenzaron a sospechar que podía haber relación con algún tipo de agente químico e inmediatamente culparon a los alemanes, que debían haber lanzado el ataque con armas químicas al que tanto temían. Se envió un mensaje a Argel al responsable de sanidad aliado, el general Fred Blesse, mencionando que los pacientes estaban falleciendo por una «misteriosa enfermedad». Para resolver el misterio, Blesse envió a Bari al teniente coronel Stewart Francis Alexander, un experto en tratamiento contra armas químicas.

Alexander examinó a los pacientes y conversó con aquellos que pudo. Comenzaba a parecerse a una exposición a gas mostaza, pero el doctor no estaba seguro. Sus sospechas fueron confirmadas cuando un fragmento de bomba fue recuperado del fondo del puerto. El fragmento fue identificado como una bomba norteamericana M47A1, la cual estaba diseñada para alojar una carga de gas mostaza. Por tanto, los alemanes podían ser eliminados de la lista de sospechosos; habría que empezar a investigar entre los propios aliados. El doctor contabilizó el número de muertos debidos al gas en cada barco, y posteriormente marcó las posiciones que los buques habían ocupado en el puerto en el momento del ataque. La mayoría de las víctimas procedían de barcos anclados en las proximidades del SS John Harvey. Las autoridades portuarias británicas finalmente admitieron, oficiosamente, que el John Harvey tenía una carga de gas venenoso. Alexander finalizó su informe y detalló sus descubrimientos, y el memorando fue aprobado por Eisenhower. Hubo 628 bajas debidas al gas entre militares aliados y personal de la marina mercante. 

Sin embargo el secretismo seguía envolviendo el incidente. Si bien es cierto que los ciudadanos norteamericanos y británicos supieron del devastador ataque sobre Bari, no se mencionó en absoluto el papel jugado por el gas mostaza. Churchill presionó de forma insistente en que este aspecto de la tragedia permaneciera en secreto, ya era particularmente vergonzoso que todo hubiera sucedido en un puerto de jurisdicción británica y aunque el gas fue mencionado en los informes oficiales norteamericanos, Churchill insistió en que los informes médicos británicos sólo hicieran referencia a «muertes por quemaduras debidas a la acción del enemigo». Los intentos británicos de secretismo habrían causado más muertes, ya que sin la información correcta las víctimas civiles italianas nunca habrían podido acceder al tratamiento adecuado. Sin embargo Axis Sally, la famosa voz de la propaganda radiofónica alemana, se burló de los aliados diciendo en una de sus emisiones que «sé, chicos, que estáis siendo gaseados con vuestro propio gas venenoso«. El secretismo quizá engañara a la opinión pública y a los propios soldados aliados, pero no a los alemanes y así, la división Hermann Goering y otras unidades intensificaron su entrenamiento químico. Por su parte, el alto mando alemán emitió un memorando advirtiendo que: “Los aliados podrían empezar la guerra química mañana mismo”. En sus memorias, Eisenhower reconocería el hundimiento de un buque cargado con gas mostaza en Bari, pero cuidándose bien de asegurar que no se había producido ninguna victima por esta causa.

Durante años las dimensiones de la catástrofe permanecieron ocultas pese a la desclasificación del episodio en 1959, hasta que en 1967, el instituto naval de EEUU público un trabajo, seguido de un libro sobre el tema, escrito por Glenn B. Innfield en 1971. Los oficiales británicos negaron durante mucho tiempo tener ningún conocimiento del cargamento del John Harvey, sin embargo en 1986 el Times de Londres informó de que 600 marineros británicos contaminados en Bari percibirían pensiones con efectos retroactivos.

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