En el siglo XII, el Báltico era una región de bosques y lagos, con pocas tierras de labranza e inviernos glaciares, pero además, era el último reducto del paganismo en Europa. La sociedad báltica se fue militarizando progresivamente durante los siglos XII y XIII como respuesta a la presión de las cruzadas católicas del norte, mucho menos conocidas que sus hermanas de Tierra Santa, pero mucho más exitosas. Comenzaron como un esfuerzo de Inocencio III por defender la recién cristianizada Livonia. Inmediatamente, se constituyó la primera Orden Militar del Norte, la Orden de los Hermanos de la Espada; uno de ellos era el ambicioso Hermann von Buxhoeved que fue proclamado principe-obispo de Tartu cuando los cruzados tomaron la ciudad matando hasta el último soldado de la guarnición rusa. Pronto, aparecerá otro poder en la zona: los Caballeros teutónicos, que a su vez, habían conquistado la paga Prusia donde habían formado su propio Estado. En 1236 la Orden de los Hermanos de la Espada sufrió una espantosa derrota a manos de los lituanos en la Batalla de Saule, por lo que en 1238 los caballeros teutónicos absorbieron lo que quedaba de la orden.

Nóvgorod era una ciudad poderosa, capital de uno de los 10 principados rusos; con escasas posibilidades agrícolas, dependía fundamentalmente del comercio por el lago Lagoga y el río Neva hasta el golfo de Finlandia o hasta Kiev y el Volga. La mayor parte de su población era ortodoxa y ayudo a los estonios contra los cruzados católicos, sufriendo la invasión mongola a partir de 1223. Alejandro Nevski era un comandante capaz e implacable, pero por encima de todo, un político hábil y prudente. En 1236 había sido nombrado Príncipe de Nóvgorod a petición de sus habitantes, con tan solo 16 años. En 1237 acogiéndose a los términos de la bula papal de Inocencio IV, los caballeros teutónicos decidieron lanzar su propia cruzada contra el Principado de Nóvgorod; no en vano su conquista era un botín muy apetecible para la Orden ya que con su posesión se asegurarían el dominio del Mar Báltico. Así pues, planearon tres acometidas separadas para dividir las defensas enemigas, cortar las salidas al comercio occidental, del cual dependía y evitar un choque de intereses demasiado grande entre ellos mismos.

La base de los ejércitos de las ordenes militares germanas eran los ministeriales, caballeros no libres cuyo estatus legal era similar al de un siervo. Junto a estos, los restos de la Orden de los Hermanos de la Espada, formaban la mayor parte de la contribución de los caballeros a la cruzada de Nóvgorod. Junto a esta pequeña élite, los sirvientes de los caballeros formaban una infantería y una caballería profesionales, además del personal de apoyo. Sus fuerzas también incluían las levas locales, reclutadas entre los nativos conversos,mercenarios germanos y otros que se alistaron atraídos por las posibilidades de fortuna y botín y que generalmente servían como infantería montada o caballería ligera. Las tácticas empleadas por los cruzados del báltico eran básicamente las mismas que utilizaban el resto de ejércitos de la Europa occidental: trataban de engañar a los defensores enemigos y hacerles ir en una dirección equivocada, mientras penetraban en el territorio enemigo, asolándolo. Por contra las habilidades militares bálticas se basaban en ataques rápidos y emboscadas; los informes de sus ataques son muy similares a los de los indios en Norteamérica del siglo XVIII y XIX y aquí, como allí, las pequeñas fortificaciones de madera como bases para la defensa y la ofensiva les otorgaron a los cruzados la ventaja tecnológica, apuntalada en sus ballestas y sus pesadas armaduras.

Por su parte, la aristocracia rusa y su élite militar eran de orígenes étnicos diversos. Los boyardos, una clase relativamente reciente, estaba formada por los druzhuina, una nueva aristocracia junto a la élite preexistente, cuyo estatus se basaba en la tierra, la riqueza o el apoyo tribal. Los miembros de las milicias urbanas provenían de la pequeña y mal desarrollada clase media; estas milicias tenían una eficacia muy limitada cuando actuaban solas y normalmente marchaban junto a los druzhuina de su príncipe local. Nóvgorod también reclutaba hombres entre la población no eslava de su extenso imperio, como los guerreros de origen estepario (que facilitaron sus arqueros a caballo, cruciales como veremos en el lago Peipus). Las tácticas rusas tendían a ser defensivas y sus comandantes preferían luchar apoyándose en defensas naturales (río, bosque, etc) protegiendo los flancos y retaguardia.

Un ejercito al mando del obispo Hermann de Dorpat formado por Caballeros Teutónicos y auxiliares livonios avanzaron hacía Nóvgorod desde el oeste y consiguieron conquistar la ciudad de Pskov en 1241. El príncipe de Nóvgorod, Alexander Nevski, responderá con un contraataque con el doble objetivo de reconquistar Pskov y detener a los Caballeros Teutónico. Su objetivo era derrotar a los invasores y con una demostración de poder, evitar futuros ataques. No deseaba ocupar el territorio católico. A fin de causar los mayores estragos, Alejandro había desplegado su ejército en una extensa zona, pero este despliegue resultó ser demasiado «intrépido» (su tamaño seguía siendo pequeño incluso para un ejercito medieval) cuando una parte, compuesta por la mal instruida milicia de Nóvgorod fue derrotada en Mooste. Los supervivientes se reunieron con Alejandro y el grueso del ejército perseguidos por las tropas del obispo Hermann, ( que había llamado a filas a sus vasallos y sus tropas auxiliares) apoyado por los vasallos del rey danes en el norte de Estonia y un destacamento de caballeros teutónicos, casi todos ellos antiguos hermanos de la espada. Aunque los cruzados eran inferiores en número a los rusos, estaban convencidos de compensar esto con la mayor instrucción y disciplina de sus caballeros y por la superioridad de su armamento. Alejandro no quiso presentar batalla y se desvió hacia el Este, hacia su territorio,cruzando por la superficie helada del lago Peipus en su punto más estrecho. Con toda seguridad, se sorprendió cuando supo que los cruzados lo seguían.

El lago Peipus es una gran masa de agua en una región muy llana y baja; sus orillas están bordeadas de muchas playas y se encuentra afectado muy a menudo por fuertes vientos del oeste, por lo que el hielo no forma una capa lisa, amontonándose en picos dentados y bloques superpuestos. El hielo tendría normalmente entre 20 y 30 cm de espesor, suficiente para soportar el peso de la infantería y la caballería dispersa, pero muy peligroso para los jinetes con armaduras pesadas en formación cerrada. Alejandro probablemente se dirigió hacia Mehikoorma y los cruzados cruzaron un poco más al norte para cortar el camino a los rusos en la actual Samolva, en la orilla opuesta, pero cuando Alejandro se enteró de este movimiento, se dirigió hacia el norte en dirección a un afloramiento rocoso llamado Roca del Cuervo (sin identificar en la actualidad), usando los bloques de hielo como fortificaciones de campaña.

Ambas fuerzas se enfrentarían finalmente el 5 de abril de 1242 .La batalla del Lago Peipus fue en realidad un combate menor con unas fuerzas enfrentadas reducidas: unos 2.000 hombres en el contingente cruzado frente a a un numero de tropas rusas de aproximadamente el doble, aunque la cantidad de soldados profesionales en ambos bandos era aproximadamente la misma. Para los teutones, Alejandro debía ser capturado, vivo o muerto. La batalla se inició con un ataque en formación en cuña, práctica normal de la caballería pesada occidental; les sorprendió la presencia de arqueros montados en el flanco derecho ruso, tradicionalmente el ala ofensiva. En esta posición, se enfrentaban a los vasallos daneses del ala izquierda cruzada. Los caballeros teutónicos estarían en el ala derecha ya que el Obispo Hermann, el comandante, estaría en el centro con sus propios hombres. Las tropas ligeras auxiliares estonias,estaban situadas a retaguardia.

La batalla fue en realidad, breve, pero sangrienta y lo más probable es que se librase en la playa y no en el hielo, ya que la carga inicial de los cruzados penetró profundamente en las lineas rusas. Pero el curso de la batalla cambió dramáticamente con el contraataque de los arqueros montados, que pusieron en fuga a los daneses, que nunca antes se habían enfrentado a su demoledora lluvia de flechas concentrada. Las fuentes recogen folclóricamente este hecho, atribuyendo esto a la intervención divina con «la hueste de Dios lanzándose por el aire para ayudar a Alejandro«.

Las tropas auxiliares estonias no llegaron a participar en la batalla, desertando y dejando a los caballeros en gran inferioridad numérica, Los caballeros cruzados y teutónicos que habían penetrado con éxito en las lineas rusas, fueron rodeados; murieron prácticamente todos. Como suele suceder en estos casos, la derrota se transformó en catástrofe. Bajo el efecto del pánico, los caballeros se entregaron a una serie de movimientos desordenados, hasta que la superficie del lago se quebró y hundió bajo los pies de los que huían. Era principios de abril y la capa de hielo, más delgada, era mucho más frágil que en pleno invierno. Los caballeros de la Orden Teutónica eran unos 30, la mayoría antiguos caballeros de la Orden de la Espada livonia, quizás una señal de que a la Orden no le convencía esta empresa. Seis de ellos fueron capturados. La Crónica de Novgorod afirmó que hubo 400 germanos y daneses muertos, algo a todas luces exagerado.

Ambos bandos estaban deseosos de hacer las paces, canjeando prisioneros y renunciando a los territorios conquistados y Alejandro no tardó en marcharse para ocuparse del grave problema de las relaciones rusas con los Mongoles. Los cruzados habían pagado con sangre el error de Guillermo de Módena,legado papal que había organizado la cruzada, que no reclutó suficientes tropas para cumplir la misión. Los propios cruzados se habían confiado demasiado, subestimando al ejército ruso que les sorprendió completamente con la presencia de arqueros a caballo en sus filas, el factor decisivo en la derrota final.

La derrota del Lago Peipus fue un duro golpe en las ambiciones teutónicas de dominar en su totalidad el Mar Báltico y con ella, se derrumbó el halo de invencibilidad del que hasta ese momento habían disfrutado, produciéndose un alzamiento de los prusianos, recién conquistados que contaron con el apoyo de varios nobles cristianos de Prusia, deseosos de escabullirse del yugo teutón. La rebelión prusiana fue un desastre para los Caballeros Teutónicos, que se veían acosados por continuas emboscadas de los paganos prusianos y por los devastadores ataques de las tropas de Pomerania.

En 1244 los Caballeros teutónicos fueron derrotados en la Batalla de Rensen y poco después los rebeldes lograron conquistar la mayoría de castillos y fortalezas de la Orden. Ante la imposibilidad de imponerse militarmente a la alianza entre paganos prusianos y cristianos rebeldes de Pomerania, la Orden Teutónica recurrió a su fuerza diplomática y tras arduas negociaciones, el duque Swantopelk de Pomerania fue convencido en 1248 por los enviados del Papa para dejar de apoyar a los paganos; sin su ayuda no tenían ninguna posibilidad de obtener la victoria y decidieron someterse. A comienzos de 1249 los rebeldes firmaron el Tratado de paz de Christburg mediante el cual los Caballeros Teutónicos otorgaban una considerable autonomía a los nobles de sus territorios y un mayor número de derechos civiles a todos sus súbditos que fueran cristianos o que se convirtieran al cristianismo. En 1250 Prusia Occidental fue finalmente pacificada y los Caballeros Teutónicos se dispusieron a continuar su expansión avanzando contra Prusia Oriental.