Carlomagno inició la anexión de los territorios paganos de los sajones en el 773. Tras su victoria en la batalla de Paderborn, quedó muy clara su postura respecto a la libertad religiosa, al obligar a los habitantes de Angria a cortar y destruir el Irminsul (una especie de tótem de madera sagrado) y abrazar el cristianismo. Animado por el éxito y convencido de estar realizando una misión divina, extendió sus campañas hasta el río Weser, conquistando todas las fortalezas sajonas que osaron plantarle cara. Los nobles sajones se vieron obligados a negociar la paz y abandonar sus ritos paganos. Carlomagno se centró entonces en continuar su expansión hacia las tierras lombardas del Norte de Italia. Durante la primavera del año 774 marchó a Roma para celebrar la fiesta de Pascua y allí fue recibido como un salvador, pues reafirmaba las promesas de su desaparecido padre, Pipino el Breve, de proteger las tierras papales. Esa primera visita de Carlos a la «Ciudad Eterna» fue preparada con mucho rigor para darle todos los honores posibles, a semejanza de los triunfos que se celebraban en la Roma de los césares.

Los campesinos sajones aprovecharon esta ausencia para iniciar una rebelión, encabezada por Widukind, reabriendo de nuevo el conflicto.Ninguna otra de las guerras que emprendió fue más larga, atroz y costosa para el pueblo franco que su guerra contra los sajones, puesto que estas tribus, como casi todas las que estaban asentadas en Germania, eran tremendamente feroces por temperamento. Dicha guerra tuvo una duración de casi treinta y tres años; los sajones eran un pueblo germánico hostil al cristianismo, que ocupaban el territorio situado entre el Elba y el mar del Norte, y protagonizaba múltiples enfrentamientos en los límites fronterizos. Incluían las tribus westfalianas, ubicadas al Oeste; ostfalianas, al Este; angrianas, en el Centro, y nordalbingianas y wihmodianos, situadas a orillas del río Elba inferior. Consideraban a la Iglesia y a su doctrina como un elemento de penetración franca, al que se oponían, lo que provocaba encarnizados combates. Además los sajones eran remisos a cumplir sus tratados y las rendiciones que firmaban, pues no eran muy dados a honrar con su palabra. Su accionar de saqueo y arrase de las tierras tenía como escenario Turingia, Hesse y las provincias renanas.

Obligado por la rebelión sajona, Carlomagno regresa en el 775 para derrotar de nuevo a las huestes sajonas. Las campañas del rey franco para acabar con el pillaje de los sajones y obligarlos a comulgar con la fe cristiana se prolongaron desde el año 772 hasta el 804. La guerra contra ellos daba la alternativa del bautismo o la muerte. Hay que tener en cuenta que en ese período, exaltar y defender la Iglesia no comprometía solamente glorificarla y protegerla contra los que detentaban doctrinas consideradas impías con medidas legislativas o administrativas. Debían defenderla con las armas de las incursiones de los paganos y la devastación de los que le eran desleales. Para algunos, extender la guerra para salvaguardar la cristiandad y ensanchar los dominios de la Iglesia más allá de sus fronteras territoriales. Para otros, conquista y usurpación por la fuerza de los más poderosos contra los más débiles y atrasados culturalmente. En el 786, Carlos domina ya casi toda la Sajonia, y entre el 798 y el año 804 logra someter a los lugareños de Norbalbingia y Wihmode. En su transcurso, diez mil sajones fueron deportados por considerar que practicaban «cultos maléficos» y se oponían a la religión católica, mientras que los restantes serían acogidos a la fe cristiana y forzados a guardar fidelidad al rey franco bajo juramento, con el fin de formar un solo pueblo.

Pero volvamos al 775; sofocada la revuelta, el emperador pone de nuevo rumbo a tierras lombardas. Los sajones se niegan a vivir bajo la autoridad de los francos, por lo que se revelan de nuevo en el 776 y el 779, obligando en ambas ocasiones a la intervención de Carlomagno. La zona permanece en relativa calma bajo el domino franco, hasta que en el 782, se establecen leyes que eliminan los últimos vestigios del paganismo, lo que hace que salte la chispa de la insurrección, encabezada nuevamente por Widukind o Witikind .Este había escapado de Dinamarca para no ser bautizado y tener que jurar fidelidad al emperador; al saber que Carlomagno estaba en España, en el año 777, aprovechó la ocasión para sublevarse Los sajones asolan todas las iglesias que encuentran a su paso y reconquistan las tierras de los chatti, aniquilando a la caballería de élite de Carlomagno en las alturas de Süntel (año 782). El emperador en persona acude inmediatamente al frente de nuevas tropas francas decidido vengar el desastre militar capturando 4.500 prisioneros.

En un primer momento ordena la conversión al cristianismo de los rebeldes cautivos. Sin embargo decide imponer un severo castigo que acabe con las continuas revueltas, por lo que ordena la decapitación de todos los rebeldes. Durante toda una jornada, 4.500 sajones son ejecutados sin piedad, en las proximidades de Verden (año 782), población enclavada a orillas del río Aller, en la Baja Sajonia. Las crónicas cuentan que el río Aller se tiñó de rojo con la sangre de los insurrectos. Carlomagno ve en los vencidos a los hombres que regenerados con el agua del bautismo, entrarán en el seno de la Madre Iglesia. Creyendo castigar, con las leyes divinas y mandatos de la fe, comete, bajo una apariencia legal y autorizada, actos de fría crueldad. Es preciso clarificar que quienes fueron pasados por las armas no eran prisioneros de guerra, como consta en muchos libros históricos, sino que eran los cabecillas e integrantes de varios grupos sajones en rebelión, lo que no le quita al hecho connotaciones brutales. Aquella gran matanza aviva una sublevación general de los sajones, quienes después de una lucha de casi tres años son reducidos y obligados a la obediencia. Entre ellos está el héroe popular Witikind, quien es obligado a bautizarse en Attigny (con Carlos como padrino) y a declararse vasallo del emperador, lo que pone fin a los alzamientos de esas tribus. Desde ese momento fueron continuos, casi un ritual sistemático, los bautizos entre sajones y se crean los obispados de Halberstadt, Minden, Detmold, Verden, Osnabrûck, entre otros, y los monasterios de Korvei y Herford, convertidos en una especie de distritos misioneros.

A partir de allí, puede considerarse resuelto el problema sajón para el Imperio Franco. Entonces las fronteras orientales del reino llegaban hasta la desembocadura del Río Elba. El rey franco perfila un régimen de terror en las tierras conquistadas en la Sajonia y dicta una Capitular para imponer la civilización franca y la religión cristiana, que incluye la pena de muerte para el que viole las iglesias, aquel que no realice el ayuno y abstinencia en la Cuaresma, el que mate a un clérigo, obispo, sacerdote o diácono o aquel que acuda al rito de la cremación de sus muertos según el código pagano, entre otras medidas. En dicho documento, además, se consigna que «si en el futuro alguien perteneciente a la nación sajona queda sin el bautismo, se esconde o lo rechaza queriendo permanecer pagano, que sea castigado con la muerte […] si alguno conspira con los paganos en contra de los cristianos y persiste en ser su enemigo, que sea castigado con la muerte […] aquel que sea reconocido culpable de infidelidad al rey, será castigado con la misma pena«. Se obligó a la población rebelde a emigrar del suelo natal y el traslado, en pequeños grupos, al interior de los territorios francos o junto a aldeas de reconocida fidelidad al rey y la cristiandad, cercanas a grupos de monjes y clérigos que asegurarían el cambio de fe, la conversión pasiva. Las tropas francas recorrían las regiones menos dóciles y arrastraban consigo a sus habitantes, sobre todo a viejos, mujeres y niños, quienes viajaban como rebaños hacia tierras lejanas, previamente asignadas, o quedaban diseminados entre la población franca.

Carlomagno buscaba con estas leyes una sumisión pasiva a sus dominios y poderes y hasta llegó a prohibir las reuniones y asambleas populares, con excepción de aquellas convocadas por los condes francos. De esta forma quedaba impuesto el mandato del vencedor.

En 1935, el Reichsführer SS Heinrich Himmler ordenó a Wilhelm Hübotter, un destacado arquitecto paisajista nazi la construcción de Sachsenhain, un monumento formando por 4.500 grandes piedras en Verden en conmemoración de la Masacre.​ Supuestamente, cada piedra procedía de una de las 4.500 poblaciones de Baja Sajonia, y es hoy en día citado como ejemplo de pseudoarqueología. ​En la actualidad, el emplazamiento pertenece a las Juventudes de la Iglesia Protestante y está abierto al público.