Los incas debían sus extraordinarios éxitos militares en gran parte a su notablemente eficiente organización social y administrativa. Sin embargo, como en otros de su cultura, no fueron tanto revolucionarios como reorganizadores e innovadores, adaptando estructuras sociales,normas, y tradiciones preexistentes para satisfacer sus necesidades.

La unidad básica de parentesco de los indios andinos era la familia nuclear, integrada por la madre, el padre y su descendencia. Estas familias formaron linajes estrechamente relacionados que podrían rastrear su origen a un ancestro conocido común; estas familias se agrupaban a su vez formaron ayllus o clanes que también remontaban su ascendencia a una mítico antepasado común. El líder del ayllu era el curaca o cacique,cargo que no tenía transmisión hereditaria, excepto, quizás, en las ciudades-estado. Era elegido de entre los hombres más experimentados y respetados de los distintos linajes. Aquellos que tenían mayor número de parientes masculinos tenían más probabilidades de ser elegidos simplemente porque podían comandar una fuerza laboral más grande y de mayor utilidad para la comunidad y / o el inca. El curaca resolvía disputas entre linajes, asignaba parcelas agrícolas a las familias del ayllu y ayudaba a planificar y supervisar a los principales proyectos de construcción que beneficiaban a todos los linajes bajo su liderazgo. A su vez, los ayllus formaron unidades más grandes, las tribus, liderados por los Capacs y los reinos liderados por los sinchis. Territorialmente, los ayllus se dividían en dos entidades corporativas llamadas mitades: hanan (superior) y hurin (inferior). No era infrecuente que dentro del ayllus se produjese un doble liderazgo que reflejara las dos mitades de la comunidad. Una vez que los incas conquistaban nuevos territorios, nombraban nuevos curacas,capacs, y sinchis o forzaban a los existentes a jurar lealtad a sus nuevos señores. Escogían a estos nuevos líderes de entre los hombres locales si podían; cuando se encontraban con resistencia a la asimilación nombraban a hombres del ayllus real de Cuzco.

A su vez, la alta sociedad en el Cuzco imperial reflejó este modelo de sistema social general andino. La ciudad de Cuzco fue ocupada casi exclusivamente por una docena Ayllus que reclamó al primer Inca, Manco Capac, como su ancestro común. Según hemos visto en el modelo general, estos ayllus se dividieron en dos mitades, Hanan (Alto) Cuzco y Hurin (Inferior) y su emperador, quien poseía el título de Sapa Inca («el único»),también conocido como Apu («divinidad»), era elegido habitualmente por los líderes de los ayllus; usualmente era un hijo o pariente cercano de la sangre de su antecesor y a menudo era nominado nominaba como su sucesor por el propio Sapa Inca. Sin embargo, los líderes del ayllus de Cuzco no tenían obligación de aceptar la elección del inca y podían nombrar a otro hombre, siempre y cuando viniera del linaje de los incas. Esto probablemente explica por qué casi cada vez que se seleccionaba un nuevo inca, había candidatos rivales para el puesto y el nuevo gobernante, debía ser capaz de aplastar toda oposición contra él y ejecutar o exiliar a los disidentes. A veces, como en el caso de Viracocha, el Emperador en ejercicio apoyó al candidato perdedor, lo que provocó una guerra civil. Los períodos de doble liderazgo también fueron comunesn. Así, Viracocha fue co-emperador con su hijo Drcos y posteriormente con su hijo Inca Yupanque, más tarde conocido como Pachacutec, quien compartió el poder en años más tarde con su hijo Tupa Inca Yupanque. El hijo de Tupa Inca, Huayna Capac, quien se empeño en extender su imperio en el norte, puso a su primo al frente de de la administración del imperio en Cuzco.

Aunque los incas reconocían los diversos grupos étnicos y de parentesco bajo su mando, por conveniencia administrativa, los organizaron de acuerdo con un sistema decimal. Así, el ayllu administrativo comprendió 100 pachacas o linajes, cada uno encabezado por un purej o cabeza de familia. A veces, los ayllus eran subdivididos en unidades de 10 y 50 pachacas, cuyo líder era nombrado por el curaca del ayllu. Cinco ayllus formaron una pihcapachaca (500 pachacas) liderada por un pihcapachaca curacao. Dos pihcapachacas (1,000 pachacas) formaban un un waranka cuyo líder era un waranka curacao y diez warankas formaban un huna administrada por el huna curaca que respondía directamente al inca y era asistido en sus responsabilidades por los quipucamayacs.

Estas unidades sociales estaban estrechamente unidas por vínculos de mutua reciprocidad; una familia siempre podía contar con su linaje para recibir ayuda en la siembra y en tiempo de cosecha así como en casos de emergencia. Cuando llegaba el momento de trabajar en proyectos más ambiciosos, como la construcción de zanjas de riego o el sembrado de las terrazas, la familia siempre podría contar con la ayuda su ayllus. La ayuda siempre era recíproca y a cambio, se esperaba que proporcionara comida, bebida y, a veces, regalos a todos los que les ayudaban. En general, la propiedad personal no existía en la región andina precolombina y la tierra pertenecía al ayllu y al curaca asignaba una parcela (tapa) para cada familia. A la muerte de su titular, la tapa revertida al ayllu. El territorio del ayllu, llamado marca, variaba en tamaño, dependiendo de la región y los recursos disponibles. En zonas con escasas precipitaciones o suelos poco fértiles, las marcas tendieron a ser grandes, mientras que en los valles fértiles, tendían a ser más pequeñas. Los ayllu podían ocupar diversos nichos e igualmente cada tapa también se podía extender en varias elevaciones, por lo que todas las familias del ayllu podrían tener igual acceso a todos los nichos ecológicos.

Cuando los incas conquistaban un nuevo territorio, reclamaban toda la tierra en nombre del Inti (dios del sol) y del estado, pero permitían que los curacas continuaran repartiendo la tierra como habían hecho siempre. El tamaño de una marca ahora era lo suficientemente grande como para proporcionar parcelas a 100 familias. Un número variable de marcas formaba un sector llamado saya y un número indeterminado de sayas conformaba un huamani o provincia. Estas provincias se correspondían aproximadamente a los territorios de las tribus o ciudades-estado conquistadas por los incas y conservaban sus antiguos nombres y capitales. Las provincias, a su vez, conformaron las cuatro suyas de Tawantinsuyu: Collasuyu, Cuntisuyu, Antisuyu y Chinchaysuyu.

En la sociedad inca los miembros de las tribus aliadas disfrutaron del mismo estatus que los incas, incluso cuando fueron reasentados en diferentes partes del imperio como mitimacs, con la función de pacificar a los habitantes locales. Destacados líderes militares y administradores podría ascender de las filas de los plebeyos hasta este nivel de la sociedad.

La sociedad Tawantinsuyu estaba dividida en una estructura piramidal con el inca en la cúspide de la misma; el Sapa Inca, era considerado el descendiente directo de Inti, el dios del so. Toda la tierra del imperio le pertenecía a él o a su antepasado, el dios del sol. Por debajo de él estaban los hijos e hijas de su predecesor, que vivían en el complejo de los fallecidos incas donde todas sus necesidades eran atendidas. Los jefes supremos y reyes que se habían rendido al inca conservaban su alto estatus y respondían directamente ante él. Por debajo estaba la aristocracia formada por los ayllus de Cuzco. Estos nobles eran conocidos como «Orejones» por los españoles porque llevaban enormes piezas de oro en sus orejas. El ejército inca se obtenía de entre la nobleza de los «orejones» a la mayoría de sus cuadros y unidades de élite, así como sus administradores y gobernadores. La gente común conocida como mitimacs (contribuyentes) o runas,.proporcionaba a los incas el trabajo y los bienes necesarios para mantener el imperio y su ejército. La clase más baja estaba constituida por los yanakunas (sirvientes o esclavos) que servían al Inca, a sus familiares y a la nobleza de Cuzco. Por lo general, eran prisioneros de guerra o artesanos reasentados desde las provincias conquistadas.

Originalmente, la mit´a era el nombre dado a la obligación laboral que una familia le debía al ayllu. Con el advenimiento de las ciudades-estado y las sociedades estatales en los andes,la mit´a se convirtió en una forma común de tributación. Los curacas locales, capacs y sinchis daban a las familias de los ayllus comida, elementos textiles y otros bienes y servicios, y estos a cambio debían proporcionar un porcentaje de su trabajo. Los artesanos debían entregar una parte de los productos de sus tiendas. Los artículos más preciados eran los textiles y la cerámica, las joyas y los recipientes de oro y plata, que también fueron codiciados por los curacas que los almacenaban en sus almacenes y los usaron para comprar influencia y poder. Los incas usaron la mit´a de la misma manera que sus antecesores, pero idearon un elaborado sistema para almacenar y redistribuir todos estos productos. En cada pueblo se construyeron colcas de piedra bien ventiladas, almacenes de maíz, papas y carnes liofilizadas, lana de llama, textiles,cerámica, armas, y otros productos. Estas colcas, que se alzaban del suelo para que su contenido se mantuviera seco, pudiendo verse desde kilómetros de distancia. y eran repuestas periódicamente por los curacas locales, quienes recolectaban los bienes de entre los miembros de sus ayllus. Antes de que llegaran las nuevas cosechas, las colcas eran vaciadas y su contenido enviado a Cuzco, que a su vez estaba rodeado de grandes almacenes con increíbles cantidades de bienes. Los quipucamayocs guardaban registros minuciosos de los cultivos,los bienes y los días de trabajo. Las colcas situadas en cada capital regional del imperio servían para almacenar alimentos y ropa para la población local en tiempos de crisis, para los trabajadores de las obras públicas para y los ejércitos incas en marcha.

La mit´a también proporcionó a los incas una vasta mano de obra con la que poder emprender sus obras públicas, incluida la construcción y mantenimiento de terrazas agrícolas, canales de riego, carreteras, puentes, tambos, coleas, palacios, templos y fortalezas. También suministró un de reclutas para sus ejércitos. Los curacas locales eran los respondables de levantar cuadrillas de trabajo, supervisarlas e informar del número de días que cada persona bajo su autoridad trabajaba para el estado y el templo. En el caso de una carretera, cada ayllu era responsable de la construcción del tramo que pasa por su territorio. Los proyectos de construcción mas ambiciosos, tales como puentes o tambos, requerían de la participación de unidades más grandes que el ayllu. Se esperaba que todos los hombres y mujeres sirvieran según sus capacidades. Sólo los niños pequeños, los muy viejos y los enfermos estaban exentos del servicio. Aproximadamente, la mit´a consistía en el 10 por ciento del tiempo de una persona y la negativa a realizar esta obligación era castigada con la muerte.