Gobernó Egipto entre 1353 y 1336 a.C. e intentó transformar la religión, el arte y la política. La mayoría de sus sucesores fueron muy críticos con su reinado y hasta Tutan­kamón firmó un decreto en el que se criticaban las condiciones de vida en tiempos de su padre: «El país pasaba penurias; los dioses habían abandonado esta tierra». La dinastía siguiente se refería a él como «el criminal» y «elrebelde», y destruirán sus estatuas e imágenes en un intento de borrarlo por completo de la historia. Fue un revolucionario cuyas ideas, en especial el concepto de monoteísmo, eran adelantadas para su época por innovadoras y radicales.Ha sido presentado como un profeta, como un protocristiano, como un ecologista pacifista, como un homosexual declarado y orgulloso y como un dictador totalitario: Amenhotep IV, Akenatón.

Su padre, Amenhotep III, será uno de los mayores constructores de monumentos, templos y palacios de la historia egipcia. Padre e hijo pertenecían a la XVIII dinastía, que llegó al poder tras derrotar a los hicsos, un grupo procedente del Mediterráneo oriental que había invadido el norte de Egipto.Los antepasados de la XVIII dinastía estaban radicados en el sur de Egipto, y para expulsar a los hicsos copiaron de sus enemigos innovaciones como el carro de guerra y el arco compuesto. Los egipcios profesionalizaron el ejército y, a diferencia de la mayoría de las dinastías precedentes, la XVIII mantuvo uno permanente.También eran buenos diplomáticos, y con el tiempo el imperio se extendió desde lo que hoy es Sudán hasta la actual Siria. Los extranjeros llevaron a la corte de Egipto riquezas y conocimientos nuevos, lo que tuvo efectos de gran calado. Con Amenhotep III, que reinó aproximadamente entre 1390 y 1353 a.C., el estilo artístico de la realeza viró hacia unos planteamientos que hoy describiríamos como más naturalistas.Aunque se mostraba abierto a las nuevas ideas, también miraba hacia el pasado remoto. Estudió las pirámides de reyes que habían vivido hacía más de un milenio e incorporó elementos tradicionales en festividades, templos y palacios reales. Mantuvo el culto al dios Amón, patrón de Tebas, pero empezó a dar relieve también a Atón. Representado como un disco solar, Atón era una manifestación del dios Sol Ra, una reminiscencia de un antiguo culto religioso.

Su hijo subió al trono como Amenhotep IV; tuvo un hermano mayor, Tutmose, el príncipe primogénito o Príncipe de la Corona,que falleció antes de heredar el trono, por lo que será ascendido a corregente en los últimos años de reinado de su padre. Así Amenhotep ascendió al trono en torno a 1353 a. C. El cargo de Gran Esposa Real (Ta hemet nesu) fue ejercido por Nefertiti y con ella, la figura de la Gran Esposa Real alcanzó cotas de poder nunca vistas hasta entonces. Era hija de Ay, un noble muy asentado en la corte real egipcia y que será muy influyente en los años finales de la dinastía. Con posterioridad, Ay volvió a desposarse nuevamente y tuvo otra hija: Mutnedymet. Esta media hermana de Nefertiti llegó a ser consorte del faraón Horemheb (que no pertenecía al linaje de la Dinastía XVIII), quien la desposó para legitimar su ascenso al trono, aunque de manera poco ortodoxa, ya que lo habitual hubiera sido su matrimonio con una princesa de la familia del rey Akenatón y no de Nefertiti. La muerte de Nefertiti ocurrió, probablemente, antes que la de su real esposo, lo que implicó que Akenatón eligiese a una de sus hijas para ocupar el puesto de Gran Esposa Real a efectos de poder oficiar los rituales que demandaba la presencia femenina real. También destacó la figura de Kiya, mencionada como «La amada esposa», una esposa secundaria de Akenatón.

Durante su primera etapa como soberano no hubo ruptura con el orden establecido, aunque se empezó a gestar el cambio que llevaría a privilegiar el culto a Atón. Así, durante el quinto año de su reinado, Amenhotep IV tomó dos decisiones cruciales: cambió su nombre por el de Akenatón –»el que place a Atón»– y abandonó Tebas para fundar su nueva capital en el lugar que hoy conocemos como Amarna. La llamó Ajetatón, que significa «horizonte de Atón», y muy pronto de aquel trozo de desierto desolado había surgido una ciudad que llegó a estar habitada por 30.000 personas. Con gran rapidez se erigieron palacios y templos enormes: el Gran Templo de Atón medía unos 800 metros de largo. Para Akenatón, Amarna era un proyecto puro y profundamente visionario. Escogió su ubicación, una amplia zona de desierto virgen sobre la margen oriental del Nilo, porque no estaba contaminada por el culto a ninguna divinidad. Es posible que también quisiera emular a su padre. Los primeros en instalarse fueron los nuevos funcionarios que siguieron al faraón. Cada uno eligió el sitio y el tamaño de su casa, situada en una gran parcela con todas las comodidades. En el exterior había graneros y almacenes donde se guardaban los alimentos y los artículos que se intercambiaban por bienes necesarios para la familia, las cuadras para los caballos, un pequeño recinto para los carros y talleres de tejido y cerámica para uso diario. No faltaban una huerta y un pozo, ni los establos para los animales domésticos. Había igualmente lugares especiales donde se elaboraban los alimentos, uno para moler el grano,otro destinado a la fabricación de cerveza, además de la cocina propiamente dicha, al sur de la casa para que el viento del norte, el que más sopla en Amarna, se llevara los humos y malos olores fuera del recinto. También se construía una pequeña capilla con estatuas o relieves de los reyes, a quienes como intermediarios entre hombres y dioses se les pedía que dirigieran sus súplicas y peticiones a Atón, el disco solar.

Alrededor de estas grandes casas se fueron levantando otras más pequeñas de gentes que acompañarían a estas familias nobles y trabajarían para ellas. En Amarna no había un barrio de ricos y otro de pobres, sino que cualquiera podía elegir el lugar de su vivienda. Así, la ciudad se fue llenando de habitantes llegados de otros pueblos y ciudades de Egipto; venían en grupos de un mismo lugar y formaban un pequeño barrio para vivir juntos y no sentirse solos en una ciudad extraña. A veces, varias viviendas tenían salida al mismo patio, lo que suponía que entre los vecinos debía haber una relación amistosa.También llegaban familias de artesanos que habían trabajado juntos y decidían probar fortuna en la nueva capital. Amarna se desarrolló una incipiente economía privada basada en el pluriempleo, gracias a la libertad de que gozaron sus habitantes y su afán por aumentar su nivel de vida.

Pero la intransigencia religiosa del rey a partir del año 9 de su reinado debió de desilusionar a muchos nobles, que abandonaron la decoración de sus tumbas y seguramente huyeron de Amarna. Amarna existió muy poco tiempo como ciudad: doce años durante el reinado de Akhenatón y se supone que unos tres años durante el de Tutankhamón. La ciudad fue abandonada poco después de la muerte de su fundador, Akhenatón, y los siguientes faraones arrancaron sus piedras para reutilizarlas en sus propias construcciones mientras los aldeanos de los pueblos vecinos se llevaron los ladrillos para sus casas.No se alzó nunca otra ciudad sobre su suelo y gracias a esto,las arenas del desierto fueron enterrando y conservando los cimientos de sus edificios y los restos abandonados por sus habitantes, con lo que Amarna es hoy el enclave arqueológico que más datos aporta sobre la vida diaria de los antiguos egipcios.

Aunque los egipcios adoraban hasta un millar de distintos dioses, Akenatón sólo era fiel a uno. Nefertiti y él eran los únicos intermediarios entre el pueblo y Atón, asumiendo de esta manera el papel del estamento sacerdotal. La reina Nefertiti tenía consideración de corregente y, aunque no está claro si ejerció un poder político efectivo, sí poseía un estatus religioso y simbólico excepcional en una reina egipcia. La nueva situación originará fricciones con los sacerdotes del antiguo orden, que seguían adorando a Amón. Como sumo sacerdote de Atón, rechazó la autoridad del sumo sacerdote de Amón, quien tenía el título de Jefe de los sacerdotes de todos los dioses y un gran poder político. En el décimo año de su reinado, Akenatón ordenó borrar el nombre de Amón y el de su esposa Mut de todos los monumentos, hasta de los cartuchos con nombres teóforos de todos los faraones, incluido el de su padre. Ordenó también que se arrancasen todas las imá­genes de Amón de los templos estatales. Fue un acto de audacia inconcebible: era la primera vez en la historia que un rey atacaba a un dios. Pero a menudo las revoluciones se vuelven contra sus mayores entusiastas, y aquella violencia acabaría aniquilando la creación del propio Akenatón. La revolución, provocada por Akenatón, supuso la total eliminación de las imágenes humanizadas de dioses en esculturas, relieves, muebles y otros enseres, que habían constituido tradicionalmente la principal fuente iconográfica del arte egipcio. Paralelamente, la familia real se convirtió en el motivo central de las representaciones artísticas: en los altares de los templos donde antes se encontraban las estatuas de los dioses, se veía ahora a la familia real, a veces en pareja, otras veces con todos sus hijos, y siempre con el dios Atón, el disco solar, oficiando como protector y dador de vida.

Tradicionalmente se ha tenido la imagen de Akenatón como la de un gobernante que había abandonado total o parcialmente su cargo debido a una religiosidad radical y extrema, que había llevado a Egipto al declive sobre todo en el exterior. Sin embargo, esta imagen ha ido perdiendo fuerza a partir de las últimas investigaciones.El cambio en el modelo político supuso un afianzamiento del poder real. Por lo que se refiere a la política exterior, Akenatón fue capaz de mantener el statu quo en los territorios conquistados de Canaán y Libia. El faraón mantenía el conocimiento y la toma de decisiones en los tratos con las potencias extranjeras, como bien lo atestiguan las Cartas de Amarna. 

No se sabe a ciencia cierta cómo terminó el reinado de Akenatón, ya que no se cuenta con documentos ni crónicas de la época. Además, la damnatio memoriae decretada por los posteriores faraones de la Dinastía XIX eliminó mucha información sobre su mandato. Su único hijo y heredero era Tutankatón (el muchacho era hijo del rey y una de sus hermanas), un niño de menos de 10 años que enseguida sustituyó el «Atón» de su nombre (Tutankatón) por el título del dios que tanto había odiado su padre: Tutankamón. Abandonó Amarna y abrazó de nuevo las antiguas tradiciones. Tutankamón murió de improviso, y el jefe de su ejército, Horemheb, se autoproclamó faraón en el que posiblemente haya sido el primer golpe de Estado militar de la historia. En el antiguo Egipto, tras los períodos de debilidad o desunión, los dirigentes solían declarar un «wehem mesut», que literalmente significa «repetición del parto»: un renacimiento. Con símbolos antiguos se valían de las glorias pretéritas para prometer éxitos futuros. Tutankamón declaró un wehem mesut y parece ser que Horemheb hizo otro tanto. 

Horemheb y sus sucesores, entre ellos Ramsés el Grande, desmantelaron los palacios y templos de Amarna. Destruyeron las estatuas de Akenatón y Nefertiti y expurgaron el nombre del rey hereje y sus sucesores de las listas oficiales de gobernantes egipcios. Tan eficaz fue aquel acto de damnatio memoriae que explica en parte por qué la tumba de Tutankamón escapó a gran parte del expolio del que fue objeto el Valle de los Reyes. En todo Egipto, Akenatón es el único faraón en cuyo honor todavía se erigen construcciones monumentales. Ello da fe de que los líderes islámicos del país explotan la identidad popular del Akenatón monoteísta