Poco después de iniciarse la Segunda Guerra Mundial, en Septiembre 1939, el ejército alemán avanzaba imparable a través de Polonia. Alemania y la URSS habían firmado en secreto un acuerdo adicional y secreto, dentro del pacto Molotov-Ribbentrop, que preveía el reparto de Polonia entre las dos potencias. De puertas para afuera, Alemania y Rusia establecían en su artículo IV que «ninguna de las dos participarán en agrupaciones de potencias que de alguna forma estén dirigidas directa o indirectamente contra la otra parte». De puertas para adentro, Alemania y la URSS establecieron una serie de «áreas de influencia». Un reparto futuro de Europa Oriental que empezaría por Polonia, a la que invadieron solo unos días después.

Así la URSS, cumpliendo su parte del pacto el 17 de septiembre de 1939, dieciséis días después de la invasión de Polonia por parte de Alemania, entró en la zona oriental del país, pillando totalmente desprevenidos a los vapuleados polacos. En los años anteriores a la guerra, el Ejército polaco estaba falto de oficiales formados por lo que cuando estalló la guerra, miles de profesionales e intelectuales fueron llamados a filas como oficiales. Con la invasión de Polonia, que el Politburó llamó «campaña de liberación», el Ejército Rojo hizo unos 250.000 prisioneros de guerra a los que una vez capturados, se les interrogó y clasificó para identificar a los que podían representar un peligro mayor para las autoridades invasoras, siendo repartidos por varios lugares de la actual Rusia, en los campos de Kozelsk, Ostashkov y Starobels, así como por ciertas prisiones de Ucrania occidental y Bielorrusia. El gobierno soviético se anexionó el nuevo territorio, poniéndolo bajo su control y declarando en noviembre de ese mismo año que trece millones y medio de ciudadanos polacos, que vivían en la zona anexionada, habían pasado a ser ciudadanos soviéticos. Los soviéticos contrarrestaron la oposición mediante ejecuciones y arrestos;​ miles de personas fueron arrestadas y enviadas a Siberia y a otras zonas remotas de la URSS, en cuatro series de deportaciones producidas entre 1939 y 1941.

Dado que la primera preocupación soviética en los nuevos territorios polacos ocupados eran los militares prisioneros, de los que unos 10.000 eran oficiales, desde el día siguiente a su agresión, la URSS tomó las primeras decisiones: el 19 de septiembre de 1939, Lavrenti Beria creó en el seno del NKVD (orden número 0308) la Dirección de Prisioneros de Guerra (Glavnoie Upravlienie po dielam WoennoPlennyj, GUWP) y una red de campos de concentración específicos. A primeros de octubre comenzó, poco a poco, la liberación de los soldados rasos, aunque 25.000 de ellos fueron enviados a construir carreteras y 12.000 puestos a disposición del comisariado de Industria pesada como trabajadores forzados. Un número aún desconocido se dispersó en pequeños grupos en los campos del inmenso Gulag. Al mismo tiempo se decidió crear dos «campos para oficiales» en Starobielsk y Kozielsk, y un campo especial para policías, vigilantes de prisión y guardias fronterizos en Ostaszkow. Beria puso pronto en marcha un grupo de operaciones especiales encargado de abrir diligencias judiciales en los mismo campos. Al final de febrero de 1940 habían sido internados 6.192 policías (y asimilados) y 8.376 oficiales.

Durante varios meses, Moscú dudó acerca de la suerte que les reservaba. Se preparaban a condenar a una parte, empezando por los del campo de Ostaszkow, siguiendo un modelo de acusación característico que remitía al artículo 58-13 del Código penal soviético, que se refería a las personas que hubieran «combatido contra el movimiento obrero internacional». Apenas un pequeño esfuerzo de interpretación bastaba para condenar bajo este epígrafe a cada policía o vigilante de prisión polaco. Estaban previstas penas de entre cinco y ocho años de internamiento en un campo y entraban en consideración posibles deportaciones a Siberia (a Kamchatka, en particular).

En una carta clasificada como ultrasecreta escrita el 5 de marzo de 1940 el jefe de la policía secreta soviética (NKVD) Lavrenti Beria, proponía su ejecución calificándolos de «permanentes e incorregibles enemigos del poder soviético«. La firma, estampada el lápiz azul de Iosif Stalin, líder supremo de la URSS, junto a la palabra «za»(que significa «a favor»), confirmaba la orden. Así, Iósif Stalin y otros cinco miembros del Politburó soviético (Mólotov, Voroshílov, Mikoyán, Kalinin y Kaganóvich) aprobaron lo que, de acuerdo con el Instituto de la Memoria Nacional de Polonia y otros sectores, sería un autentico genocidio. Beria ordenó a la NKVD (la precursora del KGB) ‘juzgar’ a los detenidos en tribunales especiales, sin contar con su comparecencia y sin acta de acusación, mediante la mera producción de certificados de culpabilidad y que «se les aplique el castigo supremo: la pena de muerte por fusilamiento«. 

Los preparativos técnicos duraron un mes. En el curso de las seis semanas siguientes, del 3 de abril al 13 de mayo de 1940, los prisioneros fueron transferidos de los campos en grupos pequeños. Se trasladó a 4.404 personas de un campo de Kozielsk a Katyn, donde fueron abatidas de un tiro en la nuca y sepultadas en fosas comunes. Los prisioneros de Starobielsk (3.896 personas) fueron eliminados en los locales del NKVD de Jarkov y sus cuerpos enterrados en las afueras de la ciudad de Piatishatki. Los de Ostaszkow (6.287 personas) fueron ejecutados en los locales del UNKVD de Kalinin (hoy Tver) e inhumados en Miednoje. Liquidaron en total a 14.587 personas. El 9 de junio, el comandante adjunto al jefe del NKVD, Vassili V. Czernyeszev, realizó un informe según el cual los campos estabas listos para recibir nuevos prisioneros .

Así durante la primavera de 1940 el bosque de Katyn ( bosque próximo a la ciudad de Smolensk ) se convierte en el escenario una cruenta masacre: los miembros de la «élite polaca», incluidos políticos, oficiales del ejército, e incluso artistas e intelectuales, son ejecutados metódicamente, uno a uno, con un tiro en la nuca. Tras recibir el tiro de gracia, son enterrados en fosas comunes. Sólo 448 de los detenidos se salvaron del exterminio, fueron amnistiados y se integraron en un cuerpo del ejército polaco que luchaba junto al Ejército Rojo al mando del general Anders. Las ejecuciones empezaban por la tarde y terminaban al amanecer; el primer transporte, el 4 de abril de 1940, trasladó a 390 personas y los verdugos se encontraron con un trabajo duro al tener que matar a tantas personas en una sola noche, por lo que los siguientes transportes se cuidaron muy mucho de no llevar a más de 250 personas. Las ejecuciones fueron realizadas con pistolas Walther PPK y municiones de fabricación alemana suministradas por Moscú para culpar al régimen nazi de las ejecuciones en el futuro.

Después de revisar la información personal del condenado, este era esposado y llevado a una celda aislada. Los sonidos de las ejecuciones eran enmascarados con máquinas ruidosas (tal vez ventiladores) durante la noche. Una vez entraba en la celda, a la víctima se le descerrajaba inmediatamente un tiro en la nuca y su cuerpo era sacado por la puerta de enfrente y depositado en uno de los cinco o seis vagones que esperaban, dando paso al siguiente condenado. El procedimiento se desarrollaba cada noche, excepto en la fiesta del 1 de mayo, festividad del trabajo. Los cuerpos fueron enterrados en forma de pilas de cinco filas de 500 cadáveres y a muchos no se les quitó el uniforme ni las pertenencias; las pilas fueron cubiertas con una capa de 3 m de tierra. Uno a uno, a sangre fría, unos 22.000 militares polacos fueron ejecutados de un tiro en la nuca y arrojados a fosas comunes. 

El 22 de junio de 1941 Hitler invade la Unión Soviética. Stalin asiste aturdido al avance de los ejércitos alemanes, imparables, que cruzan la «línea roja» de la frontera soviética haciendo caso omiso del pacto de  no agresión firmado con el III Reich. La guerra entre las dos potencias se convierte en la prioridad y el trágico genocidio de los polacos pasa al olvido. Pero dos años después, en el mes de abril de 1943, este abominable crimen soviético sale a la luz cuando una parte de los osarios que contenían los cuerpos de los asesinados fue descubierta por los alemanes en el bosque de Katyn; varias fosas comunes contenían los restos de 4.000 oficiales polacos. Unos conductores polacos que acompañaban a una unidad alemana son los primeros en descubrir las gigantescas tumbas. El hallazgo fue para Alemania un instrumento propagandístico de primer orden. Jospeh Goebbels, ministro de propaganda alemán, no puede creer la suerte que tiene; el descubrimiento es un bombazo propagandístico y en sus hábiles manos lo convierte en una poderosa arma publicitaria. Radio Berlín anunciaba al mundo el 13 de abril de 1943 así el macabro descubrimiento: «hemos sido informados desde Smolensk que la población local ha indicado a las autoridades alemanas un lugar en el que los bolcheviques perpetraron secretamente ejecuciones en masa y donde la GPU ejecutó a diez mil oficiales polacos«. El anuncio alemán del descubrimiento causo una profunda impresión en la opinión pública mundial; no se sabía nada de tal cantidad de prisioneros polacos en manos rusas por lo que para muchos era difícil de creer. Muchos pensaban que se trataba de otro truco propagandístico alemán. Sin embargo en los círculos del gobierno polaco en el exilio el anunció causó gran consternación.

Unos obreros polacos que trabajaban en las líneas ferroviarias en el este del país, entonces ocupado por la Alemania nazi, descubrieron los primeros cadáveres. Había decenas de fosas, llenas de esqueletos apilados unos sobre otros, en el bosque de Katyn, a pocos kilómetros de la ciudad rusa de Smolensk. Se encontraban en un terreno cubierto de pinos sito a unos 400 kilómetros al oeste de Moscú, a 20 kilómetros al oeste de la ciudad de Smolensk, cerca de la carretera a Vitebsk. Según sus testimonios, el lugar servía a la NKVD como punto de ejecuciones. Había sido acotado con alambradas y se hallaba vigilado por centinelas. Unidades del Ejército alemán desenterraron allí 4.500 cuerpos. Medio siglo después se hallaron más cementerios de este tipo, pero el nombre de Katyn ya se había convertido en el símbolo de todos ellos. Era la oportunidad era de oro para mostrar al mundo los crímenes soviéticos y de paso, sembrar la discordia entre los aliados, incluido el Gobierno polaco en el exilio.

Los medios del Tercer Reich publicaron fotografías, cartillas de vacunación y detalles sobre los objetos personales hallados en las fosas. Algunos polacos se enteraron de esta forma del fallecimiento de algunos de sus familiares. Las excavaciones principales en el bosque de Katyn se concentraron en las fosas comunes polacas; para finales de abril de 1943, siete grandes fosas habían sido desenterradas. Cubrian un área relativamente pequeña en un claro del sur oeste del bosque, en una pequeña colina de arena que se inclina hacia una zona pantanosa. Las fosas eran fácilmente reconocibles debido a los abetos jóvenes que habían sido plantados por los soviéticos sobre ellas. El área total excavada era de aproximadamente 478 metros cuadrados y para el 26 de abril habían sido exhumados 900 cuerpos de los cuales 600 habían sido ya identificados.

Las autopsias y las identificaciones habían sido llevadas a cabo por el doctor Buhtz y su equipo de 13 doctores,analistas, asistentes de autopsia y fotógrafos. Un cobertizo de madera de un pueblo cercano fue derribado y reconstruido junto a las tumbas y equipado con una estufa y ventanas de techo para servir como sala de autopsia a todas las temperaturas. El laboratorio de campo de la Wehrmacht en Smolensk fue puesto a disposición para las pruebas de laboratorio. Todo el sitio estaba acordonado por la Feldpolizei, asistida por policías polacos y guardias auxiliares rusos. Una comisión técnica de la Cruz Roja polaca, liderada inicialmente por Ludwik Rojkiewitz asistió a los alemanes durante las exhumaciones. A cada cuerpo exhumado se le asignaba un numero de serie y cualquier papel o efecto personal era puesto en unas bolsas especiales de papel marcadas con el mismo número de serie.

Los alemanes realizaron una investigación por su cuenta y un comité de peritos, presidido por el Teniente General de las SS Leonardo Conti que publicó un detallado dictamen en un libro blanco sobre la matanza. Esta comisión estaba compuesta por 12 distinguidos profesores de medicina forense provenientes de países neutrales de Europa. En realidad, «neutral» para los alemanes significaba que no tenían interés directo en el asunto, ya que cuatro de ellos provenían de países ocupados, siete de países aliados (Bulgaria, Croacia,Finlandia,Hungría,Italia,Rumanía y Eslovaquia) y uno de Suiza. Los alemanes invitaron al Gobierno polaco en el exilio a enviar delegados a esta comisión, invitación que fue declinada. Los trabajos de la comisión terminaron a principios de mayo de 1943; por el contenido de los documentos hallados en los restos mortales y la edad de los árboles plantados sobre las fosas, quedaba demostrado que las ejecuciones habían tenido lugar en la primavera de 1940, cuando la región se encontraba bajo dominio soviético. De los 4.143 cuerpos exhumados, los alemanes identificaron 2.815 por su nombre. Había 2 generales, 12 coroneles, 50 tenientes coroneles, 165 mayores, 440 capitanes,542 primeros tenientes, 930 segundos tenientes, 2 oficiales pagadores, 146 oficiales médicos,10 oficiales veterinarios,1 capellan, 221 civiles,111 oficiales no identificados (en su rango),21 identificados solo por su nombre, 50 sin identificar y 1440 identificados como «en uniforme». A esos 4.143 cuerpos se sumaron 100 más de la fosa n°8, encontrados pero no exhumados. Los calculos alemanes estimaban que en la zona habría unos 11.000 cuerpos.

Por supuesto Katyn significaba una oportunidad única para la maquinaria propagandística del III Reich. Para explotar completamente las posibilidades que ofrecía, los alemanes organizaron numerosas visitas al sitio, en las que se permitía a los visitantes moverse libremente y examinar los restos encontrados, como la gran cantidad de documentos personales que portaban los asesinados, así como a hablar libremente con los habitantes de la zona. La primera delegación de periodistas extranjeros que visitó la zona lo hizo el 10 de abril de 1943, tres días antes del anuncio público. Estaba compuesta por ocho periodistas extranjeros destacados en Berlín, la mayoría de países ocupados por Alemania, así como por corresponsales de Suecia, Suiza y España. El 11 de abril llegará la primera delegación polaca que incluía periodistas, doctores y miembros de la Organización de Apoyo Mutuo, de Cracovia y Varsovia. El 16 de abril lo hará una delegación de la Cruz Roja Polaca, desde Varsovia junto con el padre Stanislas Jasinski, enviado del Arzobispo de Cracovia, que efectuó unas oraciones memoriales en las fosas. El 17 de abril, lo hicieron un grupo de oficiales polacos prisioneros de guerra de los alemanes.

La reacción soviética es tan rápida como presumible, porque reconocer el genocidio perpetrado en Katyn hubiera significado colaborar con el nazismo, afirmando que la ejecución de los polacos fue una acción planificada de exterminio de la aristocracia polaca y de los judíos polacos por parte de los alemanes en 1941. El 15 de abril radio Moscú negó vehementemente lo que calificaban como viles calumnias y maquinaciones contra la URSS. Su estrategia no sirvió para explicar dónde estaban los soldados polacos hechos prisioneros por Moscú que, pese a haber sido oficialmente amnistiados tras la paz firmada por Moscú con los aliados (en junio de 1941), no volvían a sus casas. Los soviéticos afirmaban que habían sido empleados en labores de construcción en el área de la región de Smolensk hasta que cayeron en manos de los alemanes en el verano de 1941. La BBC, en su emisión del 15 de abril, aceptó convenientemente la versión soviética y hablo de las «mentiras alemanas». Los alemanes no tardaron en darse cuenta de que el mundo libre dudaría en aceptar la verdad simplemente porque ellos la comunicasen por lo que Alemania debía buscar un organismo internacional neutral y competente para confirmar sus hallazgos. Así el 16 de abril de 1943, la Cruz Roja alemana solicitó a las Cruz Roja Internacional en Ginebra que enviara una delegación para participar en la investigación sobre el terreno.

Pero el jefe del Gobierno polaco en el exilio, general Wladyslaw Sikorski, exigió el 17 de abril de 1943 una investigación que fuese llevada a cabo por la Cruz Roja Internacional ( investigación que los soviéticos se negaron a autorizar siempre) y preguntó a Stalin dónde se encontraban todos esos militares de su país que no regresaban. «Escaparon», se limitó a responder el dictador soviético. «¿Adónde podrían haber escapado?», insistió otro general polaco. «A Manchuria», sugirió Stalin… Pese a que a ninguno de los aliados le convenía entonces que se sospechara que uno de los suyos había cometido tales crímenes, Polonia se mostró reacia a aceptar como buenas estas explicaciones. Meses después, las relaciones de Sikorski con Stalin se rompieron. En julio de 1943, el general polaco murió en un accidente aéreo nada más despegar de Gibraltar el avión Liberator en el que viajaba con 16 personas más.

La comisión de la Cruz Roja Internacional llegará a la conclusión de que los soldados polacos fueron ejecutados por los soviéticos en la primavera de 1940 (en total hubo alrededor de 25 000 desaparecidos). En septiembre de 1943, Katyn fue recuperado por los rusos que inmediatamente designaron a su vez, un comité investigador, presidido por el académico Burdenko, para «averiguar la suerte corrida por los polacos». Su informe, publicado en Enero de 1944 llegaba a la siguiente y conveniente conclusión: «los prisioneros fueron internados cerca de Smolensk para construir carreteras. allí los capturaron los alemanes que decidieron exterminarlos en el otroño de 1941«. La posición de Estados Unidos y Gran Bretaña ante aquellos espantosos sucesos queda perfectamente reflejada en las palabras pronunciadas por Churchill a Maisky, embajador soviético en Londes: «Tenemos que batir a Hitler y este no es momento de disputas y acusaciones«. No solo miraron para otro lado, sino que no contentos con ello, durante le proceso de Nuremberg se intentó acusar a los “culpables” alemanes del crimen en masa de Katyn. En virtud de los Estatutos de Nüremberg (según los cuales los informes de las comisiones de encuestas aliadas tenían el valor de prueba) el informe soviético sobre Katyn, que acusaba a los alemanes de la matanza de 11.000 militares y civiles polacos, fue aceptado por los vencedores como prueba auténtica, indiscutible, el 8 de agosto de 1945. Finalmente, no hubo pruebas suficientes y la causa fue sobreseída. Este alarde de cinismo no debería sorprendernos, teniendo en cuenta que los soviéticos se encontraban en las filas de los fiscales en el proceso de Nüremberg, siendo así rápidamente escamoteados los episodios vergonzosos en relación con los valores democráticos, como los pactos germano-soviético de 1939 o la matanza de Katyn. El propio Churchill, sin ningún pudor comentará posteriormente en sus memorias : » para dar crédito a la tesis rusa, hace falta tener una fe ciega».

Tras el fin de la guerra se consumó la ocultación de los crímenes de Katyn. La censura del régimen comunista impedía pronunciar ese nombre en público. Y quienes hablaban de ello en privado podían acabar en las listas de la policía política polaca, la SB, y en algunos casos ir a parar a la cárcel. Aquella matanza supuso una enorme pérdida para Polonia. Buena parte de la élite, la gente más formada, los más preparados, murieron, y este episodio siempre ha marcado las relaciones con Rusia. A  pesar de que, tras la caída del bloque comunista, se han encontrado más fosas, todavía se desconoce dónde están enterrados los cuerpos de 7.000 de aquellas víctimas. Las autoridades soviéticas intentaron imputar la matanza a los alemanes y hasta 1992, durante una visita de Boris Yeltsin a Varsovia, las autoridades rusas no reconocieron la responsabilidad directa de Stalin y de los miembros del Buró político en la eliminación de la elite polaca en 1940.

Moscú reconoce que la matanza se produjo, pero jamás ha admitido que fuera un crimen de guerra y un genocidio, que nunca prescribe. Nunca ha rehabilitado a las víctimas y se niega a abrir los archivos. De los 183 tomos de la investigación rusa sobre Katyn, 116 son secreto de Estado. Símbolo del asesinato en masa, Katyn es también el de la mentira negadora: hasta 1989 el gobierno comunista de Polonia y los comunistas del mundo entero atribuyeron la masacre a los alemanes. Setenta años después, en 2010, ocurrió una nueva tragedia en Katyn cuando el presidente de Polonia, Lech Kaczynski y decenas de altos cargos políticos y militares han muerto justo cuando viajaban a Smolensk, a pocos kilómetros de Katyn, para recordar los crímenes de 1940.